Elucidación del reordenamiento transcripcional en las neoplasias hematológicas mediante métodos computacionales (LINKER)

Información del proyecto

Los genes y sus correspondientes vías forman redes que regulan diversas funciones celulares que son fundamentales en el desarrollo de los tumores.

Estas redes, denominadas redes reguladoras de genes (GRN), definen las relaciones reguladoras entre los genes y proporcionan una representación concisa del paisaje regulador transcripcional de la célula.

Además, diferentes fenotipos pueden conducir a la activación de diferentes vías funcionales mediante diferentes reconexiones globales de las GRNs subyacentes. Para descubrir estos cambios transcripcionales, en este proyecto avanzaremos y optimizaremos un método computacional reciente y eficiente desarrollado por el Dr. Hernáez, denominado LINKER, con el objetivo de descubrir las GRNs a partir de los datos de RNAseq; y teniendo en cuenta estas redes, desarrollaremos métodos eficientes de análisis de redes diferenciales que arrojen luz sobre los cambios regulatorios asociados al fenotipo.

Como uno de los objetivos clave de esta propuesta es la traslación de los métodos computacionales para avanzar en el conocimiento clínico del cáncer, trabajaremos con el grupo anfitrión para aplicar LINKER para descubrir el reordenamiento transcripcional asociado a las neoplasias hematológicas.

Específicamente, aplicaremos LINKER en un modelo escalonado primero en los datos disponibles de RNA-seq del mieloma múltiple y la leucemia mieloblástica aguda, y segundo en los datos primarios de pacientes con estas enfermedades proporcionados por el supervisor anfitrión. Los GRNs reconstruidos entre el MM y las células plasmáticas normales de la BM y entre las células blásticas leucémicas y las células progenitoras hematopoyéticas normales, potencialmente implicadas en la patogénesis de la enfermedad, se validarán funcionalmente mediante tecnologías de ganancia y pérdida de función de última generación (CRISPR/cas9).

Dado que los datos proporcionados por la institución anfitriona incluyen el seguimiento clínico de los pacientes, también examinaremos el valor pronóstico de nuestro GRN identificado. Creo que LINKER proporcionará nuevos conocimientos adicionales para nuestra comprensión de los cambios clave asociados a estos tumores malignos, que se verán incrementados por nuestra capacidad de trasladar los biomarcadores descubiertos al tratamiento de los pacientes.

• Convocatoria: 2020-2022
• Duración: 2 años
• Fecha inicio: 1 de marzo de 2020
• Fecha fin: 28 de febrero de 2022
• Financiador: Comisión Europea, Programa H2020-MSCA-IF-2019, Acuerdo de subvención nº 898356
• Naturaleza del proyecto: Internacional