Servicios al investigador y empresas

Plataforma de Unidad de Genómica

Técnicas de secuenciación avanzadas

Sometidas a rigurosos controles de calidad para favorecer el resultado biológico correspondiente a cada aplicación o experimento.

Secuenciación de RNA 3’

Aplicación: Análisis de expresión génica de RNA poliadenilados.

Profundidad estándar: 10 millones de lecturas por muestra de 100 bp por lectura. Variable a petición del investigador.

Ventajas:

  • Alta sensibilidad y eficiencia para muestras con poca cantidad de RNA.
  • Puede hacerse directamente en células sorteadas o recogidas en tampón de lisis.

Inconvenientes:

  • No se obtiene la longitud  total del transcrito sino solo de la parte 3’ que permite identificarlo y contarlo. 
  • No permite hacer estudios de isoformas o de direccionalidad de la transcripción.
Stranded Full-length RNA-seq (Normal or Low Input)

Aplicación: Análisis de transcriptoma completo (RNA polyA+) con información de orientación de hebra

Profundidad estándar: 20 millones de lecturas por muestra de 100 bp por lectura.

Ventajas:

  • Alta sensibilidad y eficiencia para muestras con poca o muy poca cantidad de RNA.
  • Cobertura uniforme y descubrimiento de características con alta confianza (por ejemplo, transcritos alternativos, fusiones de genes, expresión específica de alelos, variantes de splicing)
  •  Análisis de RNA codificantes y no codificantes con información sobre la orientación de la hebra de transcripción.

 

Whole Exome Sequencing (WES)

Aplicación: detección de variantes genéticas relacionadas con enfermedad o fenotipo en la región codificante del genoma.

Profundidad:  profundidad media estándar a  100X pero se puede aumentar o disminuir según la preferencia del usuario.

Whole Genome Sequencing

Aplicación: detección de variantes genéticas relacionadas con enfermedad o fenotipo en regiones codificantes y no codificantes.

Profundidad:  se ofrece una profundidad estándar a  30X (humano) y 40X (ratón) pero se puede aumentar o disminuir según la preferencia del usuario.

Tipos de librerías aceptadas
  • Sc-RNAseq (10X Chromium)
  • MARS-Seq (Illumina)
  • Exomas (Illumina)
  • ChIP-seq (Illumina)
  • ATAC-Seq (Nextera)

Innovación tecnológica de servicio

En la Unidad de Genómica actualmente estamos en la última fase de desarrollo de nuevas técnicas más sensibles y complementarias a las que ofrecemos.

Para saber si la tecnología de preparación de librerías o secuenciación que se necesita, es ofrecida por la Unidad de Genómica de Cima, por favor póngase en contacto con el equipo.

Servicios disponibles y en desarrollo
de la Plataforma de Genómica

 Material  En servicio  En desarrollo
 RNA/células

 RNA-Seq 3 Prime
 RNA-Seq Full Length Stranded
 RNA-Seq FL Low Input

 
 DNA

 Whole Genome Sequencing (WGS)
 Whole Exome Sequencing (WES)

 
 Microvesículas en suero/plasma

 RNA-Sed

 
Amplicones/fragmentos DNA

 CrisprCas Screening
 Aptamer Screening
 ChIP-Seq

 
Células vivas

 Single Cell Sequencing (*)

 
 Tejido incluido en parafina  

 FFPE-WES
 FFPE-RNA Seq

 Suero  

 Circ Tumor DNA (ctDNA) - WES

 Muestras biológicas  

 Metagenome Sequencing

* en colaboración con el Programa de Hemato-Oncología

  • El tiempo de espera para recibir los resultados es de 5 semanas.
     
  • Si las muestras a procesar no son de ratón o humano deben hablar primero con Mikel Hernáez: mhernaez@unav.es

PASO 1: Presupuesto y consultas

Para solicitar un presupuesto o más información sobre nuestros servicios, pueden contactar con nosotros enviando un correo electrónico a ngs_cima@unav.es

PASO 2: Pedido

Rellenar el formulario de pedido y el sample datasheet indicando el código de trabajo en los dos documentos. Enviar el formulario y sample datasheet a ngs_cima@unav.es.

PASO 3: Recepción de muestras

Entregar las muestras en el laboratorio 1.41, en el horario de 12.00-13.00 y 16.00 a 17.00 horas.

a. RNA: Normalizar la concentración de RNA de todas las muestras a 10 ng/uL en un volumen de 30 uL de buffer 10 mM TRIS pH 7.5 o buffer TE.

b. DNA: Normalizar la concentración de DNA de todas las muestras a 50 ng/uL en un volumen de 20 uL de buffer 10 mM TRIS pH 8 o buffer TE.