Servicios al investigador y empresas

Plataforma de Unidad de Genómica

Técnicas de secuenciación avanzadas

Sometidas a rigurosos controles de calidad para favorecer el resultado biológico correspondiente a cada aplicación o experimento.

Secuenciación de RNA 3’

Aplicación: Análisis de expresión génica de RNA poliadenilados.

Profundidad estándar: 10 millones de lecturas por muestra de 100 bp por lectura. Variable a petición del investigador.

Ventajas:

  • Alta sensibilidad y eficiencia para muestras con poca cantidad de RNA.
  • Puede hacerse directamente en células sorteadas o recogidas en tampón de lisis.

Inconvenientes:

  • No se obtiene la longitud  total del transcrito sino solo de la parte 3’ que permite identificarlo y contarlo. 
  • No permite hacer estudios de isoformas o de direccionalidad de la transcripción.
Stranded Full-length RNA-seq (Normal or Low Input)

Aplicación: Análisis de transcriptoma completo (RNA polyA+) con información de orientación de hebra

Profundidad estándar: 20 millones de lecturas por muestra de 100 bp por lectura.

Ventajas:

  • Alta sensibilidad y eficiencia para muestras con poca o muy poca cantidad de RNA.
  • Cobertura uniforme y descubrimiento de características con alta confianza (por ejemplo, transcritos alternativos, fusiones de genes, expresión específica de alelos, variantes de splicing)
  •  Análisis de RNA codificantes y no codificantes con información sobre la orientación de la hebra de transcripción.

 

Whole Exome Sequencing (WES)

Aplicación: detección de variantes genéticas relacionadas con enfermedad o fenotipo en la región codificante del genoma.

Profundidad:  profundidad media estándar a  100X pero se puede aumentar o disminuir según la preferencia del usuario.

Whole Genome Sequencing

Aplicación: detección de variantes genéticas relacionadas con enfermedad o fenotipo en regiones codificantes y no codificantes.

Profundidad:  se ofrece una profundidad estándar a  30X (humano) y 40X (ratón) pero se puede aumentar o disminuir según la preferencia del usuario.

Tipos de librerías aceptadas
  • Sc-RNAseq (10X Chromium)
  • MARS-Seq (Illumina)
  • Exomas (Illumina)
  • ChIP-seq (Illumina)
  • ATAC-Seq (Nextera)

Innovación tecnológica de servicio

En la Unidad de Genómica actualmente estamos en la última fase de desarrollo de nuevas técnicas más sensibles y complementarias a las que ofrecemos.

Para saber si la tecnología de preparación de librerías o secuenciación que se necesita, es ofrecida por la Unidad de Genómica de Cima, por favor póngase en contacto con el equipo.

Servicios disponibles y en desarrollo
de la Plataforma de Genómica

 Material  En servicio  En desarrollo
 RNA/células

 RNA-Seq 3 Prime
 RNA-Seq Full Length Stranded
 RNA-Seq FL Low Input

 
 DNA

 Whole Genome Sequencing (WGS)
 Whole Exome Sequencing (WES)

 
 Microvesículas en suero/plasma

 RNA-Sed

 
Amplicones/fragmentos DNA

 CrisprCas Screening
 Aptamer Screening
 ChIP-Seq

 
Células vivas

 Single Cell Sequencing (*)

 
 Tejido incluido en parafina  

 FFPE-WES
 FFPE-RNA Seq

 Suero  

 Circ Tumor DNA (ctDNA) - WES

 Muestras biológicas  

 Metagenome Sequencing

* en colaboración con el Programa de Hemato-Oncología

  • El tiempo de espera para recibir los resultados es de 5 semanas.
  • Si las muestras a procesar no son de ratón o humano deben hablar primero con Mikel Hernáez: mhernaez@unav.es

PASO 1: Rellenar el formulario de presupuesto.

a. Rellenar el formulario en el que expone el tipo de experimento que quiere hacer. 

b. Utilizar en todo momento el usuario de correo unav del investigador principal, asociado a una cuenta.

c. Enviarlo a ngs_cima@unav.es con el título “usuario_presupuesto” (p.ej. “jgarcia_presupuesto”).

d. El usuario recibirá una respuesta con una propuesta económica y un código de trabajo.

PASO 2

Rellenar el formulario de pedido ( ) y el sample datasheet ( ) indicando el código de trabajo en los dos documentos. Enviar el formulario y sample datasheet a ngs_cima@unav.es, indicando en el sujeto del correo “usuario_codigo_de_trabajo”. (p.ej. “jgarcia_R20-0967”).

PASO 3

Imprimir el sample datasheet y bajar las muestras a la Unidad 1.41, en el horario de 9.30-10.00 y 13 a 13.30 horas.

a. RNAseq: Normalizar la concentración de RNA de todas las muestras a 10 ng/uL en un volumen de 30 uL de buffer 10 mM TRIS pH7.5 o buffer TE.
Si no es posible llegar a 10 ng/ul, normalizar la concentración de todas las muestras a la concentración de la muestra más diluida.

b. Genomas: Normalizar la concentración de DNA de todas las muestras a 50 ng/uL en un volumen de 20 uL de buffer 10 mM TRIS pH 8 o buffer TE.